Bereits um 1100 gab es einen Vorgängerbau der heutigen Kirche, doch ist von diesem wenig bekannt. 1452 wird der Bau der jetzigen spätgotischen Hallenkirche begonnen, zugunsten des Peterskirchenbaues aber über viele Jahre ruhen gelassen. Schließlich nimmt sich der berühmte Baumeister Wendel Roskopf der Kirche an und vollendet sie. Sie wird 1520 geweiht. Es ist W. Roskopfs letzter spätgotischer Bau in Görlitz, bevor er sich mit dem Schönhof (heute Schlesisches Museum) endgültig der Renaissance zuwendet.
1642 wird die Nikolaikirche im 30jährigen Krieg zerstört. 1649 folgte ein Wiederaufbau, eine erneute Zerstörung mit dem Stadtbrand 1717. In der anschließenden fünfjährigen Bauphase ersetzte man die Sicht auf das Gewölbe durch eine Flachdecke mit perspektivischen Architekturdarstellungen. Diese Decke wurde im Rahmen einer neuerlichen Umgestaltung entfernt. Das Innere wurde dabei von Prof. M. Elsaesser 1925/26 zur Gedenkstätte für die Gefallenen des 1. Weltkriegs im expressionistischen Stil ausgebaut. Ein Teil dieser Ausgestaltung fiel notwendigen Sanierungsmaßnahmen zum Opfer.
Wer zur Nikolaikirche und dem zu ihr gehörenden Kirchhof kommt, dem eröffnet sich ein Ort der Besinnung, der Ruhe, des Friedens. Schon seit dem frühen 16. Jahrhundert ist die Nikolaikirche keine Gemeindekirche mehr. Die stattliche Peterskirche zog das gottesdienstlich Leben an sich. So war dann die Nikolaikirche vor allem Begräbniskirche. Der Gottesacker um sie herum gehört zu den schönsten Friedhöfen Deutschlands.
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